Наиболее опасным заболеванием ирисов является бактериальная гниль корневищ. У поражённых растений загнивают корневища, затем основания листьев. Чтобы избежать поражения растений бактериозом, вырезают все поражённые корневища, стерилизуют инструмент. Очищенные корневища помещают на 20—30 мин в раствор марганцовки (2— 3 г на 10 л воды). В солнечную погоду обработанные корневища держат на открытом месте 8—10 часов, периодически их переворачивая. Эффективна и летняя подсушка корневищ, которую проводят после цветения в солнечную погоду: корневища очищают от земли на 1 —2 см, а осенью присыпают.
При гетероспорозе на крайних листьях поражённых растений во второй половине лета появляются мелкие тёмно-коричневые продолговатые пятна, листья становятся коричневыми, теряя декоративность. В борьбе с этой болезнью эффективна обрезка всех поражённых листьев с обязательным их сжиганием. Хороший результат даёт опрыскивание (в июле или начале августа) бордоской жидкостью.
К вредителям ирисы устойчивее, чем к болезням. Наиболее опасны гладиолусовый трипс (лист теряет восковой налёт, выглядит угнетённым), гусеницы бабочек озимой и касатиковой совок, подгрызающие листья и цветоносы.